情報生物学
システム情報科学専攻
情報生物学 B07 Information Biology
- 大林 武 教授 （Prof. Takeshi Obayashi）
- 内田 克哉 助教 （Assis. Prof. Katsuya Uchida）
- 湯田 恵美 准教授 （兼任） （Assoc. Prof. Emi Yuda）
研究キーワード海洋生物学、進化生態学、機能ゲノム科学、バイオインフォマティクス、データベース開発、遺伝子共発現ネットワーク、トランスクリプトーム解析、脳、ホルモン、性差
地球に寄り添うバイオインフォマティクス
今日の活発な人間活動は自然界の持続可能性を脅かしており、正確な現状把握と適切な対策が急務となっています。一方、膨大なデータを通じて、私たち人類はこれまでになく正確に世界を「見る」ことができるようになりました。当研究室では、生命科学領域における大量データから知識を抽出し、遺伝子レベルから個体集団レベルまでの多階層なアプローチを用いて、個体および集団としての生命システムを解明し、生物資源の適切な管理と活用へと展開します。
短期から長期に至る幅広い時間範囲における環境適応を解析するには、比較ゲノミクス、比較エピゲノミクス、比較トランスクリプトミクスによる進化的解析が有効です。公共リポジトリに蓄積する大量のショートリードデータから遺伝子ネットワークのデータベースを開発するだけでなく、当研究室で実施するロングリードシークエンシングを組み合わせ、地球環境を構成する非モデル生物の網羅的な機能解析基盤を構築します。特に変動海洋エコシステム高等研究所（WPI-AIMEC）と女川フィールドセンターと連携では、女川湾をはじめとする沿岸海洋系のプランクトンの動態と環境応答機構について解析し、三陸沿岸だけでなく世界の海洋環境の予測と保全に貢献します。
短期から長期に至る幅広い時間範囲における環境適応を解析するには、比較ゲノミクス、比較エピゲノミクス、比較トランスクリプトミクスによる進化的解析が有効です。公共リポジトリに蓄積する大量のショートリードデータから遺伝子ネットワークのデータベースを開発するだけでなく、当研究室で実施するロングリードシークエンシングを組み合わせ、地球環境を構成する非モデル生物の網羅的な機能解析基盤を構築します。特に変動海洋エコシステム高等研究所（WPI-AIMEC）と女川フィールドセンターと連携では、女川湾をはじめとする沿岸海洋系のプランクトンの動態と環境応答機構について解析し、三陸沿岸だけでなく世界の海洋環境の予測と保全に貢献します。
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遺伝子ネットワークを育種、生態学、人類学に応用します
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開発運用中の遺伝子共発現データベース COXPRESdb, ATTED-II, ALCOdb